Adyen offre la possibilité de traiter des transactions par prélèvement automatique. Grâce au prélèvement automatique, un client peut autoriser les marchands à collecter des fonds sur leur compte.

Cette autorisation peut varier selon le montant et la date. Les clients peuvent choisir entre un paiement unique ou une facturation mensuelle. Pour ce faire, les clients doivent confirmer leurs identifiants de connexion, généralement leurs données de compte et leurs informations personnelles (par exemple, l'adresse e-mail).

Une fois la transaction confirmée, les clients reçoivent un mandat confirmant le virement des fonds depuis leur compte. 

Certains moyens de paiement qui permettent le prélèvement automatique proposé par Adyen sont : le prélèvement ACH, le prélèvement BACS et le prélèvement SEPA.